除了卫生资源存在的城乡差距外，农村卫生资源利用率也低于城市。2006年县及县以上医院综合病床使用率为72.4％，而主要为农民服务的乡镇卫生院则仅有42.2％ 。在中国，儿童免疫和传染病预防主要由疾控中心负责。2003年第三次国家卫生服务调查显示，城市疾控中心占有的资源是农村疾控中心的5.9倍，政府对城市疾控中心的财政投入是对农村疾控中心财政投入的7倍多。

饮用水安全是影响发展中国家居民健康状况的重要因素。根据第三次国家卫生服务调查，中国2003年大、中城市自来水普及率已达到100%，一些小城市的自来水普及率也达到了90%；在农村，2003年自来水的普及率仅为34%（见图）。农村饮用水条件明显随收入水平而变化。在一类农村，使用不安全水源的农村居民少于8%，但在三类农村，这一比例是一类农村的近3倍，而四类农村则有一半以上人口无法获得安全饮用水。

图 2003年中国城乡用水安全情况（%）

数据来源：饶克勤, 2007。

近几年来，农村加快了改水的步伐：到2006年，农村自来水普及率为61.1% ，距离完全普及还有很长的路要走。在改厕方面，2006年底全国已建成各类卫生厕所 1.4亿个，但只够全国55％的农户使用 。