杭州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体呈严重富营养化状态，氮磷比失衡，全部水域无机氮含量超第四类海水水质标准。栖息地面积缩减。生物群落结构状况较差，春季，浮游动物生物量偏低，平均为24毫克/立方米；鱼卵、仔鱼种类少，密度低，平均密度分别为6个/百立方米和110尾/百立方米。
连续五年的监测结果表明，杭州湾生态系统始终处于不健康状态。水体始终呈严重富营养化状态，氮磷比失衡。沉积物中多氯联苯含量增加。每年滩涂湿地减少10%以上，湿地水生生物和水禽栖息面积不断缩减。浮游植物群落结构趋向简单，渔业生物资源衰退。滩涂围垦、各类海洋海岸工程建设和陆源排污是威胁杭州湾生态系统健康的主要因素。
乐清湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体富营养化严重，氮磷比失衡。20%水域活性磷酸盐含量超第三类海水水质标准，春季，全部水域无机氮含量超第四类海水水质标准；夏季，40%水域无机氮含量超第三类海水水质标准。部分生物体内镉、砷和铅含量较高。生物群落结构状况异常，夏季浮游植物、浮游动物和底栖生物密度均高于正常波动范围，平均密度分别为7 504×104个细胞/立方米、14 604个/立方米和145个/平方米。
乐清湾分布着我国最北的红树林，近年来乐清市开展乐清湾生态修复工作，在西门岛国家级海洋特别保护区内积极引种红树林幼苗，并开展红树林的生长环境研究，努力提高红树林的成活率，促使红树林面积不断扩大。
连续五年的监测结果表明，乐清湾生态系统基本保持稳定，生态系统健康指数变化不大。乐清湾水体始终处于严重的富营养化和氮磷比失衡状态，无机氮和活性磷酸盐含量持续偏高。部分生物体内石油烃含量下降，铅含量始终偏高。生物群落结构异常，浮游植物、浮游动物和底栖生物多样性指数始终处于较低水平。围填海导致湾内流场改变，海水交换能力下降，海湾淤积状况严重，底质环境发生变化。影响乐清湾生态系统健康的主要因素是陆源排污、围海造地、不合理的海岸工程和海水养殖。
闽东沿岸生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体有富营养化的倾向，40%水域无机氮含量超第二类海水水质标准，10%水域活性磷酸盐含量超第三类海水水质标准。部分生物体内砷、铅、镉、滴滴涕和石油烃含量较高，70%的生物残毒检测样品中砷含量偏高，50%的检测样品中铅和滴滴涕含量偏高。生物群落结构状况一般，生物多样性和均匀度处于一般水平，浮游植物和浮游动物密度高于正常波动范围，底栖生物密度低于正常波动范围，夏季，浮游植物、浮游动物和底栖生物平均密度分别为44 380×104个细胞/立方米、5 448个/立方米和68个/平方米，多样性指数分别为1.41、4.04和2.24。
连续五年的监测结果表明，闽东沿岸生态系统健康状况呈下降趋势。水体无机氮和活性磷酸盐含量持续增高，超海水水质标准面积不断扩大；pH值呈上升趋势。沉积环境中，总磷、总氮、硫化物和有机碳含量均呈上升趋势。部分生物体内砷、铅和镉含量持续偏高。围填海导致滩涂湿地面积不断减少，生物多样性降低，生境受损，珍稀物种生存和候鸟迁徙 受到威胁。外来物种互花米草分布面积持续增加，危害不断扩大。影响闽东沿岸生态系统健康的主要因素是陆源排污、围海造地、外来物种入侵和资源过度开发。
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