广西北海生态监控区  生态系统处于健康状态。红树林分布区总面积保持不变，红树林群落基本稳定。红树林鸟类种群数量有所增加，鸟类栖息环境不断改善，留鸟数量不断增加。池鹭、小白鹭、白鹭和牛背鹭等鹭鸟数量在70～1 300只之间。林区底栖动物丰富，锯缘青蟹、中华乌塘鳢、海鳗种群数量增加。

　　2008年早春发生的50年一遇的冰冻灾害天气，给保护区的红树林群落造成了较大的破坏，受害红树林总面积1 793亩，永安核心区木榄植物受害严重，成树死亡率12.0%以上，10龄以下幼树死亡率接近100%；红树林虫害仍然严重，虫害总面积3 960亩；互花米草继续危害本地种红树林生长、生存和发展，五年连续监测结果显示，互花米草的面积年均扩展速率达到41.1～48.4平方米/年，互花米草入侵区底栖动物分布数量明显减少。

　　山口红树林自然保护区内的淀沙洲下量尾、英罗港乌坭海草床分布区和北暮盐场五七海区海草床分布区的监测结果显示，下量尾海草床因受挖沙虫、耙螺和电鱼电虾等人为活动的影响，从2005年起逐渐衰退，面积逐渐减小，2007年草场已基本破坏殆尽；北暮盐场五七海区海草床分布面积约6.2公顷，较2007年略为减少，海草种类为喜盐草和二药藻混生，盖度为20%～95%，生长状况较好；英罗港海草床为喜盐草单生，因长期受人为活动的干扰破坏，生长状况一直不良，海草稀疏，海草叶片多污损海洋生物附着，常被杂物和泥沙掩埋。

　　涠洲岛珊瑚礁两个监测区监测结果显示，竹蔗寮近岸海域的活珊瑚盖度为43.1%，公山近岸海域为40.6%，最近死亡珊瑚比例很小，大多数死亡珊瑚的死亡时间都长达数年。近年来未出现珊瑚大规模持续死亡的情况，营养化指示海藻很少出现，表明2002年发生珊瑚大量死亡以后，珊瑚礁生态系统基本稳定，但没有明显的恢复迹象。

 

　　北仑河口生态监控区  生态系统处于健康状态。沉积物质量良好，但水体无机氮和活性磷酸盐普遍超标，北仑河出海口的独墩、竹山和榕树头断面水质多为超第二类海水水质标准。红树林种类多样性及群落类 型稳定、生境完整。红树幼苗生长良好，无大面积病虫害发生。红海榄群落受2008年早春冰冻灾害天气影响，出现整株叶片枯黄脱落和死枝现象。红树林鸟类种类丰富，夏季和秋季共监测到鸟类63种，上述两个季节鸟类的平均密度分别为25只/公顷和31只/公顷。近年来，红树林鸟类的种类数量和密度有所下降，鸻鹬类很少出现。

　　北仑河上游东兴市的市政污水及附近养殖塘养殖污水的排放是导致水体氮、磷营养盐含量超标的主要原因。

　　海南东海岸生态监控区  生态系统处于健康状态。海水氮、磷和石油类含量均符合第一类海水水质标准，水质优良。鹿回头、西岛、蜈支洲、龙湾、铜鼓岭、长玘港、亚龙湾、大东海、小东海等主要珊瑚礁分布区活珊瑚的盖度分别为20.9%、35.4%、72.5%、26.9%、23.3%、41.2%、35.4%、21.6%和43.4%，硬珊瑚的补充量分别为0.7个/平方米、0.5个/平方米、0.5个/平方米、0.2个/平方米、0.4个/平方米、0.7个/平方米、0.4个/平方米、0.1个/平方米和0.9个/平方米，珊瑚礁鱼类种类较丰富，分布密度平均为7尾/百平方米。

　　高隆湾、龙湾港、新村港、黎安港和长玘港等主要海草分布区海草的平均盖度分别为17%、36%、37%、24%和24%，泰莱草、海菖蒲等优势种的分布与盖度基本稳定，平均盖度分别为31%和25%。

　　连续五年监测结果表明，珊瑚、海草种类多样性和群落结构基本稳定。渔业、养殖业、海洋工程、非法捕捞和旅游业等是海南沿岸珊瑚的主要威胁，不合理的海水养殖活动直接威胁黎安港等区域海草生境的完整性，海岸带开发及污染物排放导致的水体悬浮物含量升高，局部区域透明度下降是珊瑚礁和海草床生态系统的主要潜在威胁。