监测结果表明，多数珊瑚礁、红树林和海草床生态系统处于健康状态，海南东海岸生态监控区内的珊瑚礁、海草床生态系统，广西北海生态监控区内的珊瑚礁、海草床及红树林生态系统以及北仑河口红树林生态系统健康状况良好；西沙珊瑚礁生态监控区内的珊瑚礁生态系统和雷州半岛西南沿岸生态监控区内的珊瑚礁生态系统处于亚健康状态。主要海湾、河口及滨海湿地生态系统处于亚健康和不健康状态，锦州湾、莱州湾、杭州湾和珠江口生态系统仍处于不健康状态。连续五年的监测结果表明，我国海湾、河口及滨海湿地生态系统存在的主要生态问题是无 机氮含量持续增加，氮磷比失衡呈不断加重趋势；环境污染、生境丧失或改变、生物群落结构异常状况没有得到根本改变。红树林和海草床生态系统基本保持稳定，珊瑚礁生态系统健康状况略有下降。影响我国近岸海洋生态系统健康的主要因素是陆源污染物排海、围填海活动侵占海洋生境、生物资源过度开发等。总体而言，我国近岸海域生态系统基本稳定，但生态系统健康状况恶化的趋势仍未得到有效缓解。
双台子河口生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体氮磷比严重失衡，夏季，全海域活性磷酸盐含量超第四类海水水质标准； 部分水域夏季溶解氧含量未达到第二类海水水质标准的要求；镉和铅仍然是影响本区海洋生物质量的主要因子。生物群落结构一般，春季浮游植物密度正常，平均为9.2×104个细胞/立方米；浮游动物密度显著偏高，平均为77 672个/立方米；底栖生物数量仍然偏低，平均密度为13.1个/平方米；鱼卵、仔鱼密度低，平均密度分别为2.5个/立方米和2.3尾/立方米。
连续五年的监测结果表明，双台子河口生态系统健康状况总体上处于恢复状态，主要表现在生态系统健康指数呈上升趋势，海域石油类含量超第一类海水水质标准面积呈减少趋势，沉积环境质量持续改善，影响生物质量主要污染因子呈减少趋势。但陆源污染物输入、油气勘探和海水养殖等开发活动对栖息地的破坏依然是影响生态监控区健康的主要因素。近几年，河口近岸水域春季盐度波动较大，平均盐度由2004年同期的33.32持续降为2007年的27.50，2008年又升至31.19，盐度的波动也对海洋生态系统健康产生一定影响。
锦州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。夏季近20%水域无机氮含量超第四类海水水质标准。沉积环境质量较差，部分测站重金属和石油类含量超标。海洋生物质量一般。湾内栖息地面积减小。生物群落结构异常，春季和夏季，浮游植物密度偏低，分别为8.5×104个细胞/立方米和17×104个细胞/立方米；浮游动物密度偏低，平均密度分别为18 441个/立方米和39 388个/立方米。
连续四年的监测结果表明，锦州湾生态系统始终处于不健康状态，湾内沉积物污染严重，生物质量较差。围填海导致了锦州湾栖息地面积大幅缩减，生境丧失严重。湾内生物群落结构异常，浮游植物、浮游动物和底栖生物平均密度始终偏低，生物资源明显减少。围填海对栖息地的破坏和陆源排污是影响锦州湾生态系统健康的主要因素。
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