赴京的火车上，肖劲光对毛泽东召见的“要事”作了种种揣测：调回军委机关？交给新的作战任务？就是没有想到要自己去组建海军。由于毫无思想准备，听了毛泽东的话，肖劲光便坦率地说：“主席，我是个‘旱鸭子’，哪能当海军司令？这么多年，我就坐过五六次海船，还晕得不行。海军司令还是让别人做吧！”

毛泽东轻轻地摇了摇头：“我就看上了你这个‘旱鸭子’。让你去组织指挥，又不是让你天天出海。”沉吟了一下，毛泽东又意味深长地说，有海就要有海军。过去我国有海无防，受人欺侮，我们把海军搞起来，就不怕帝国主义欺负了。再说，我们要解放台湾，也要有海军，没有海军不行。要搞海军么，总得有个人去领头。20多年来，我们和日本鬼子打仗，和国民党反动派打仗，都是钻山沟，钻青纱帐，主要在陆地上。现在要建设海军了，派谁去当司令员呢？要你当海军司令，军委是经过认真研究的。我们搞海军的基础很差，现在除了起义人员带来的舰船、装备，一无所有。你做过改造旧军队的工作，有经验，也了解我们部队的传统。还有，我们搞海军要争取苏联的帮助，你留过苏，懂俄语，了解苏联部队情况。这些都是有利条件。肖劲光默默地听着，知道任命海军司令员的事中央已经过研究，不好再说什么，只是不住地点头。最后，毛泽东嘱咐肖劲光回到长沙后，继续抓好12兵团和湖南军区的工作，调海军的事等军委的正式命令。

1949年12月，毛泽东亲自率代表团赴苏联访问。临行前，他又一次召见了肖劲光，向肖劲光了解苏联有关方面的情况，征询他对海军建设的意见。肖劲光这次有了准备，便比较系统地谈了自己对创建海军的一些想法。毛泽东听了很满意，连连说：“好，好，要考虑得更细一些，一步步落实。”此后，中央军委便向第四野战军发出了拟调肖劲光到海军工作的电报：“为统一管理指挥各地人民海军及现有舰艇，拟调12兵团兼湖南军区司令员肖劲光同志为中国人民解放军海军司令员、刘道生同志为海军副政委兼主任，并允许由原兵团直属队抽调部分机构与干部，以作为海军直属机构之基础。”但肖劲光任海军司令员的正式命令没有发出。毛泽东明确表示，要等访苏回来最后定。

1950年1月，在苏联进行国事访问的毛泽东仍然思考着海军的筹建工作。通过与苏联军界的接触、了解，他更坚定了由肖劲光任海军司令员的决心。13日他从莫斯科给主持中央工作的刘少奇副主席发来电报：“可即任命肖劲光为海军司令。”据此，1950年1月15日，中央军委正式发出命令：“(一)为了统一管理现有各地海军人员及舰艇及建立人民海军，特任命肖劲光为中国人民解放军海军司令。(二)现在大连创办之海军学校及华东军区海军司令部今后即直接向肖劲光司令员报告工作。”

接到命令，肖劲光立即交待在湖南的工作，到京赴任。从此，肖劲光开始了他的海军生涯。他在海军司令员的位置上一干就是30年。这30年中，人民海军白手起家，从小到大，逐步发展壮大起来，在解放东南沿海岛屿、反击外来侵略、保卫国家海洋合法权益的斗争中，屡建功勋。

1957年11月7日是苏联“十月革命”40周年纪念日。毛泽东以中共中央主席的身份亲率代表团赴莫斯科参加庆祝活动。同时，中国还派出了有肖劲光参加的军事友好代表团。在苏联期间，肖劲光会同刘亚楼去看望毛泽东。毛泽东一本正经地问，肖劲光还晕船吗？刘亚楼还晕飞机吗？肖劲光说：“现在好多了。”毛泽东风趣地说：“海军司令晕船，空军司令晕飞机，这就是本人的干部政策！”