城乡二元体制尚未根本打破。中国城乡基本公共服务差距过大，有其深刻的体制原因。长期以来，农村公共产品供给遵循的基本原则是“自力更生为主、国家支持为辅”，农村公共品的供给主要不是公共财政，而是农民自己。城乡分割体制强化了二元结构，延缓了社会转型的进程。由于实行农村农业人口与城市非农业人口两种户籍制度，造成城乡居民基本权利和发展机会的不平等，加剧了城乡结构的失衡，使城乡差别制度化。近些年来，户籍制度开始松动，农村到城市的劳动力流动日益频繁。但从总体来看，城乡二元的公共服务制度尚未有实质性改变。义务教育、公共卫生和基本医疗、基本社会保障等多种基本公共服务仍然分为城镇和农村体系，预算资金更多地投入城镇，农村仍然更多地强调“自力更生”，延缓了城乡基本公共服务差距缩小的进程。

国家财政资源配置的重心仍在城市。“十五”期间，国家财政预算对农村投入的绝对量大幅度增加，但用于农村的支出比重有所下降。例如，1996～2000年为9.3%左右，200l～2005年为8%左右 。又如，目前制约农村义务教育发展的重要原因是投入体制不合理，没有明确各级政府在义务教育支出上的责任，农村义务教育发展缺少可靠的投入机制，这是导致城镇生均教育支出远远高于农村的重要原因之一。

村庄集体经济收入微薄，提供基本公共服务的能力很弱。在县乡财政困难的情况下，农村集体经济事实上承担着部分基本公共服务的供给。然而，除了东部沿海发达地区外，农村集体经济并没有能力承担农村基本公共服务的供给。国务院发展研究中心于2006年对分布在17省（市、区）、20个地级市、57个县（市）、166个乡镇、2749个村庄的调查表明，村集体经济实力相差悬殊，预算低于5万元的村占到近一半。被调查村庄中有40%资不抵债 。西部地区91%的村庄年收入低于10万元。与东部地区三分之一的村庄年收入超过1百万元相比差距巨大 。（摘自中国[海南]改革研究院撰写的《中国人类发展报告》）