西沙珊瑚礁生态监控区生态系统处于亚健康状态。水环境状况良好，各项指标均符合第一类海水水质标准。珊瑚礁生态系统明显退化，从2007年开始活珊瑚盖度急剧下降，死珊瑚盖度急剧增多。2009年平均活造礁石珊瑚盖度仅为7.9%，比2005年减少了57.2%。死造礁石珊瑚盖度高达72.9%，比2005年增加了68.2%。硬珊瑚补充量逐年下降，从2006年开始西沙珊瑚补充量下降越来越明显。2009年，硬珊瑚补充量低，比2005年显著减少。珊瑚礁鱼类数量也显著下降。

2004～2009年西沙活造礁石珊瑚盖度年际变化

造成西沙珊瑚礁生态系统退化的人为因素主要是破坏性捕捞作业、过度捕捞、非法捕捞、非法采挖珊瑚和港口建设。而自然因素主要为生物侵害和台风。2009年调查发现长棘海星在永兴岛南部大量集聚，对该海域珊瑚礁造成破坏。台风期间，西沙群岛附近海面出现巨浪和风暴潮，不仅直接破坏活珊瑚和珊瑚附着基地，还对水质环境造成影响，对珊瑚礁生态系统有明显影响。

2004～2009年西沙长棘海星数量年际变化

长棘海星侵害珊瑚礁