但是，西藏上层统治集团中的一些人为维护农奴主阶级的既得利益和特权，根本反对改革，企图永远保持封建农奴制。他们蓄意违背和破坏《十七条协议》，变本加厉地策划了一系列分裂祖国的活动，直至发动武装叛乱。1952年三四月间，西藏地方政府的司曹鲁康娃和洛桑扎西暗中支持非法组织“人民会议”在拉萨骚乱闹事，公开反对《十七条协议》，要求人民解放军“撤出西藏”。1955年5月，十四世达赖由内地返藏途经四川省，随行的西藏地方政府噶伦索康、达赖副经师赤江借口佛事活动，分别走北路经甘孜、德格，走南路经乡城、理塘，沿途会见当地土司和寺院住持，策动武力对抗民主改革。西藏“人民会议”领导人阿乐群则一行5人以迎接达赖回藏为名，专程赴西康省雅安、康定等地，协同赤江，与理塘寺住持、反动头人及长期潜伏在理塘寺的国民党特务歃血盟誓，组织策划武装叛乱。1957年，洛桑三旦(达赖的三哥)授意昌都江达宗头人齐美贡布按“达赖的指令”，纠合叛乱武装发动局部叛乱。1957年5月在西藏地方政府噶伦柳霞·土登塔巴、先喀·居美多吉的支持下，成立了“四水六岗”叛乱组织，稍后又成立号称“卫教军”的叛乱武装，公开打出“西藏独立”和反对改革的口号，叛乱活动愈演愈烈。武装叛乱分子窜扰昌都、丁青、黑河、山南等地区，破坏交通，袭击中央派驻当地的机关、部队，到处抢掠财物，杀戮干部，残害人民，奸淫妇女。

对此，中央人民政府一再严正责成西藏地方政府负责惩办叛乱分子，维护社会治安。但是，西藏上层反动集团错误判断形势，把中央的耐心等待和忍让看作是软弱可欺。他们宣称：“九年来，汉人动也不敢动我们最美妙最神圣的制度；我们打他们，他们只有招架之功，并无还手之力；只要我们从外地调一大批武装到拉萨，一打汉人准跑；如果不跑，我们就把达赖佛爷逼往山南，聚集力量，举行反攻，夺回拉萨；最后不行，就跑印度”。

在国外反华势力的支持下，1959年3月10日，西藏上层反动集团在拉萨经过精心策划，挑起了全面武装叛乱。2月7日，十四世达赖喇嘛主动向西藏军区副司令员邓少东等提出：“听说西藏军区文工团在内地学习回来后演出的节目很好，我想看一次，请你们给安排一下。”邓少东等当即表示欢迎，并请达赖确定演出时间、地点，同时将达赖的这一愿望告诉了西藏地方政府的索康等噶伦和达赖的副官长帕拉·土登为登等人。3月8日，达赖确定3月10日下午3时到西藏军区礼堂看演出。3月9日晚，拉萨米本(管理拉萨老城区治安的官员，相当于现在拉萨市城关区公安局长)却煽动市民说：达赖喇嘛明天要去军区赴宴、看戏，汉人准备了飞机，要把达赖喇嘛劫往北京；每家都要派人到达赖喇嘛驻地罗布林卡请愿，请求他不要去军区看戏。次日晨，叛乱分子胁迫2000多人去罗布林卡，散布“军区要毒死达赖喇嘛”的谣言，呼喊“西藏独立”、“赶走汉人”的口号。叛乱分子还打伤西藏地方政府卸任噶伦、时任西藏军区副司令员的桑颇·才旺仁增，用石头将爱国进步人士、自治区筹委会委员堪穷帕巴拉·索朗降措活活打死，并拴在马尾上拖尸到市中心示众。随后，叛乱头目连续召开所谓“人民代表会议”、“西藏独立国人民会议”，公开撕毁《十七条协议》，宣布“西藏独立”，全面发动武装叛乱。

虽然罗布林卡受到叛乱分子控制，同达赖喇嘛的联系十分困难，中央驻西藏代理代表谭冠三仍设法通过爱国人士先后于3月10日、11日和15日给达赖喇嘛三封信。谭冠三在信中表示体谅达赖喇嘛的处境，关心他的安全，并指出叛乱分子猖獗地进行军事挑衅，要求西藏地方政府立即予以制止。达赖喇嘛亦于3月11日、12日和16日先后给谭冠三复信三封。信中说：“反动的坏分子们正借口保护我的安全而进行危害我的活动，对此我正设法平息。”“反动集团的违法行为，使我无限忧伤……以保护我的安全为名而制造的严重离间中央与地方关系的事件，我正尽一切可能设法处理。”在16日的信中，他还表示，已对地方政府官员等进行了“教育”和“严厉地指责”，并表示几天后还可能到军区去。但是，3月17日夜，达赖喇嘛与噶伦索康、柳霞、夏苏等叛乱头目一起逃离拉萨，前往叛乱武装的“根据地”山南。叛乱失败后，又逃往印度。

达赖喇嘛离开拉萨后，叛乱分子调集约7000人，于3月20日凌晨向在拉萨的党政军机关发动全面进攻。人民解放军驻拉萨部队在忍无可忍、让无可让的情况下，于当日上午10时奉命进行反击。在西藏各族人民的支持下，只有1000余人的解放军，仅用两天时间，便一举歼灭了集结在拉萨地区的叛乱武装，平息了拉萨的叛乱。之后，又继续迅速平息了西藏其他地区的叛乱活动。

正如毛泽东主席指出的：“达赖要叛乱的阴谋从1955年由北京回去后就开始了。1957年初他从印度回来，到1958年布置了两年。”1959年逃亡国外后，十四世达赖及其政治集团更是公然成立所谓“西藏流亡政府”，公开宣布“西藏独立”，重新组建叛乱武装，在中国边境进行多年的军事袭扰，在国际上长期从事反华活动，在西藏和其他藏区策动多起骚乱事件，在分裂祖国的道路上越走越远。

西藏的武装叛乱，从一开始就得到国外反华势力的支持。据西方某媒体1971年1月26日报道，1957年2月，某国情报机构在太平洋某岛训练了“四水六岗”叛乱分子。从1956年到1957年，该情报机构先后遴选了170多名叛乱分子到该国的“康巴游击队员训练基地”受训。接受训练后的数百名藏人被空投回西藏，随身配备了手提机枪，脖子上还挂着装有达赖相片的小金盒。该情报机构共训练了2000名西藏人游击队。1958年7月和1959年2月，该情报机构向“四水六岗”叛乱武装进行了两次武器空投，包括403支步枪、20挺轻机枪和60箱手榴弹，以及几口袋印度卢比。1958年11月，该情报机构通过所谓“麦克马洪线”以南印度占领区，向山南叛军运送了226驮武器装备。次年1月，又通过尼泊尔运入40驮物资，经协噶尔运给山南叛乱武装。该情报机构先后对康区叛军进行了30多次空投，投下的物资多达250吨，包括近万支M-1步枪、冲锋枪等枪械以及轻便的57无后坐力炮和高射机枪。据另一西方媒体1999年8月16日的文章说：1957年至1960年，西方某国给西藏游击队空投了400多吨物资。该国“每年在西藏行动中共花费资金高达170万美元”。

在达赖出逃途中，上述情报机构改装一架飞机沿途空投物资，以无线电与叛乱武装及附近各情报站联络，并将全部逃亡过程记录在案。香港一媒体1974年2月11日的报道透露：据参与这次行动的人员说，达赖喇嘛离开他的首府是西方某情报机构策划的。该国的间谍飞机曾飞入西藏数百英里，对达赖集团进行空中掩护，空投食品、地图、收音机和金钱，还扫射中国的阵地，并为这次行动拍摄了影片。

鉴于西藏上层反动统治集团已经完全走上叛国的道路，1959年3月28日，周恩来总理发布国务院命令，决定解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使地方政府职权，由十世班禅额尔德尼代理主任委员职务。与此同时，中央人民政府提出“边平叛边改革”的方针，领导西藏人民掀起了波澜壮阔的民主改革运动，彻底摧毁了政教合一的封建农奴制度，实现了百万农奴和奴隶梦寐以求的当家作主的权利。