台湾知名学者邵宗海在接受新华社驻台记者电话采访时表示，民进党刻意高调提出邀访达赖，政治操作的意图非常明显，主要目的是要借此对马英九施压，从而在政治上获利，并附带在国际上制造议题。他认为，达赖喇嘛来台，无论是只参与宗教活动或是还涉及政治活动，都将对当前良性发展的两岸关系产生负面影响。

台湾《工商时报》题为“重建家园才是要务”的开云网页版-开云（中国）官方在线登录分析指出，民进党是“以宗教为名祭出政治手段”，“选在灾民最需心灵抚慰的时点投下可能影响两岸关系的震撼弹”。文章说：“已经失去家园而痛心疾首的灾民以及千千万万付出爱心的民众，只希望能尽速重建家园，让台湾再度看到希望和活力，不料，看到的却是政治恶斗。”

《联合报》发表评论文章指出，台湾南部7个县市的民进党籍县市长串联邀请达赖“来台祈福”，表面看似符合人道精神，骨子里却是高度的政治性动作，更牵动敏感的两岸关系。文章说：“八八水灾，是否要邀达赖来台安慰民心，从台湾民众的宗教信仰或实际需求，都没有迫切性。南部县市长此时此议，动机昭然若揭。”

台湾网民也纷纷对民进党此举予以抨击。一位署名timmy的网民说：“对于大陆，台湾有些人‘反统战’竟然到了反人道的地步，但对于邀达赖喇嘛访台，却有人说成是‘基于人道与宗教的考量’。真是天灾过后，人祸不断！”一位来自灾区屏东的网民说：“民进党只着眼在这个时刻继续捞政治本钱，为年底的选举搞小动作。这样的政治操弄，给救灾和灾后重建会造成很不好的影响。”