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初步建立了饮用水源生态补偿机制。市政府印发了《关于本市建立健全生态补偿机制的若干意见》（沪府〔2009〕82号），青浦、松江等7个区县获得了市财政下达的2009年度饮用水源生态补偿转移支付资金。
固体废物管理
随着本市危险废物污染防治规划的推进落实，本市固体废物的综合利用和无害化处置能力不断健康发展，布局不断调整优化，危险废物的非法转移得到有效遏制。2009年，纳入本市危险废物管理（转移）计划备案企业达到3807家，危险废物2009年度本市转移量为24.3万吨，跨省市转移量为4.02万吨。
本市危险废物处理处置网络进一步得到完善。 2009年共有49家持有“上海市危险废物经营许可证”的企业，其中安全填埋类1家，焚烧处理类11 家，物理化学处理类14家，综合利用类23家，年处理处置能力达到39.3万吨。
2009年，本市共集中无害化处置医疗废物1.5万吨，疑似H1N1甲型流感废物137吨，确保了城市环境安全。
2009年，本市新增2家电子废物拆解、利用、处置企业，累计企业已达7家，其中3家被招标确定为家电“以旧换新”的废旧家电拆解、处置企业。3家企业全年共接受拆解“四机一脑”（即废彩电、空调、冰箱、洗衣机和电脑）50余万台。
污染源普查成果开发与应用
2009年，上海市第一次全国污染源普查工作顺利通过了国家污染源普查领导小组验收，《上海市第一次全国污染源普查报告》被评为二等奖。在普查基础上，梳理分析了本市工业源 VOCs排放的区域分布和行业分布，研究提出了上海市主要污染源VOCs排放清单，并通过了专家验收。
为了最大限度地利用好普查数据，市环保局对污染源普查成果作了进一步开发。利用GIS 技术，对重点污染源进行了空间定位，建立了“上海市污染源普查数据综合分析系统”，可按不同区域对污染源普查数据进行编辑、查询、统计和汇总分析。该成果已初步应用于环境管理和决策制定工作中，协助相关部门完成上海市饮用水源保护区划分、上海市浦东新区战略环评、世博空气保障计划编制等工作，并成为上海市“十二五”环保规划编制的重要依据之一。