2007年-2009年为央企负责人第二业绩考核任期。对于这一期间的薪酬管理，国务院国资委公布相关意见指出，要逐步构建企业负责人薪酬水平与经济效益、业绩考核密切联系、适度增长，并与职工收入分配关系协调、差距合理的分配格局。此外，第二业绩考核任期将进行央企负责人中长期激励试点，相应办法另行制定。

在第二任期，企业负责人基薪按已批复的2006年度基薪标准执行，任期内不再调整。基薪不作为绩效薪金的计算基数。完善绩效薪金计算基数的计算办法，保持薪酬水平适度增长。

绩效薪金计算基数仍每年进行核定，核定办法在原基薪计算办法的基础上适当调整，增加效益指标并加大效益指标权重，各项经济规模指标和企业平均工资均采用当年数据。绩效薪金倍数则根据《中央企业负责人经营业绩考核办法》和年度考核结果确定。

国资委要求，各央企要建立和完善企业负责人岗位评估和业绩评价体系，根据其岗位职责和贡献确定薪酬水平,合理拉开企业主要负责人与其他负责人之间,以及其他负责人相互之间的薪酬差距。企业主要负责人不得在子企业兼职取酬；其他负责人经国资委批准在子企业兼职取酬的，其年度薪酬水平不能超过本企业主要负责人，或由国资委根据工作实际对其职务进行相应调整，只保留一个职务。在境外子企业兼职取酬的，给予境外补贴，补贴标准由国资委确定。央企负责人岗位发生变化，本人应在任职后一个月内将工资关系转到新任职企业，其薪酬按新任职务标准支付，不得继续在原企业领取薪酬。