卫生部：

2000年至2006年，科技教育司等司局委托卫生部所属单位管理的各种捐赠经费、课题经费等1802.77万元，未纳入部本级统一核算。截至2006年底，尚有结余198.24万元。

国家邮政局：

多年来，邮政企业使用的劳务工的劳动报酬一直未能纳入邮政企业的工资总额基数，而是直接在成本中列支。2006年，全国邮政行业劳务工的劳动报酬直接列入邮政通信成本49.09亿元。

南水北调办：

南水北调办挪用预算拨款超编制购置汽车和支付出国费共计133.42万元。

外交部：

外交部下属北京市世界知识印刷厂国有资产损失89.43万元。钓鱼台国宾馆俱乐部结余收入3358.51万元未纳入会计账表。

教育部：

在教育部2006年度预算中，年初未落实到具体单位和项目的预算资金59.51亿元。

国防科工委：

2006年，国防科工委未据实列支，多计机关办公楼会议室改造等项目支出421.65万元。

司法部：

2006年，司法部外交外事支出项目超预算支出445.22万元。同时，虚列司法业务费支出125万元。

农业部：

未严格履行基建程序安排项目建设资金1.36亿元。部分所属单位扩大财政项目开支范围支出345.13万元，转移财政专项资金251.56万元。(上海证券报)