明代（公元1368—1644年）

公元1368年，明朝取代元朝，采用收缴元朝旧敕旧印，换发明朝新敕新印的形式和平过渡，继承了对西藏地方的国家主权。

明朝没有沿用元朝的职官制度，而是建立了一套别具特色的僧官封授制度。各地有代表性的政教首领人物，明朝均赐封以不同的名号，颁给他们印章和封浩，命其管理各自的地方，其职位的承袭须经皇帝批准，皆可直通名号于天子。

在行政区划与军政机构设置上，明朝在西藏基本上承袭了元朝的划置方式。在元代乌思藏宣慰司、朵甘宣慰司故地，明朝设立乌思藏、朵甘两个卫指挥使司和俄力思军民元帅府。后来，又将乌思藏、朵甘两个卫指挥使司升格为行都指挥使司，其下设指挥使司、宣慰司、招讨司、万户府、千户所等机构。各级军政机构的官员，均封委当地的僧俗首领出任。各级官员之任免、升迁，概由明朝中央直接决定，并颁授印诰等。

清代（公元1644—1911年）

公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在西藏行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不变。1652年，藏传佛教格鲁派五世达赖喇嘛应召到北京觐见顺治皇帝，次年受到清朝正式册封；后来，五世班禅又受到康熙皇帝的册封。达赖喇嘛和班禅额尔德尼的封号和他们在西藏的政治宗教地位由此被正式确立，此后历世达赖、班禅须经中央政府册封遂成定制。

清朝对西藏的施政管理，在总结元明两朝治藏经验的基础上，根据实际情况和形势变化作了重大而全面的调整，例如：设置驻藏大臣总揽全藏；调整西藏地方的政教管理体制；赐封达赖喇嘛、班禅额尔德尼名号，并确定了金瓶掣签制度；确立西藏地方涉外事务、边境国防的决定权归中央等原则；勘定今西藏与青海、四川、云南间的界线；规定达赖喇嘛、班禅额尔德尼的辖区及权限，划分了驻藏大臣直辖区，等等。

中华民国时期（公元1912—1949年）

1911年辛亥革命推翻了封建帝制，次年建立了中华民国。《中华民国临时约法》中明文规定：西藏是中华民国22行省之一。此后正式颁布的《宪法》等法律法规，也都明确规定西藏是中华民国的一部分。

1912年7月，民国政府设立管理蒙藏事务的中央机构——蒙藏事务局（1914年5月改称蒙藏院），并任命中央驻藏办事长官，直属国务总理，例行清朝驻藏大臣职权。1929年蒙藏院改制为蒙藏委员会。1940年4月，蒙藏委员会在拉萨设立驻藏办事处，作为中央政府在西藏的派出机构。第十四世达赖喇嘛本人的认定、坐床也是经当时中华民国国民政府批准的。

民国时期的大量档案记载证明，民国时期的历届国会、国家最高权力机关、全国性议事机构或历次国民大会，达赖喇嘛、西藏地方政府和班禅额尔德尼都派有代表参加，并被选举或委任各种国家公职，参与国家事务管理。