水质的变化令人欣喜，但日益突出的缺水同时成为洞庭湖治理一个新难题。近年来，洞庭湖区干旱现象逐年加剧，特别是洞庭湖北部地区已成为湖南省第四个干旱严重地区。

据了解，近年来长江入洞庭湖的淞滋、虎渡、藕池三口河系水量急剧减退。水利部门统计资料表明，三口河系自上世纪７０年代以来相继出现断流，年平均断流少则１５０天，多则达到２８０天以上，创造了有记载以来最长断流纪录。

华容县境内的藕池河宋市渡口河水基本干涸，河床大面积裸露，原本用于两岸来往车辆摆渡的渡轮搁浅在河床上，变成了不再移动的“桥”。

湖南省水利厅厅长戴军勇说，近年来洞庭湖部分区域缺水问题凸显。尽管湖南省加强了洞庭湖水污染防治并关停了环湖２３４家不达标造纸企业，但由于蓄水量减少、水体自净能力降低，部分地区、内河水体富营养化、干涸现象普遍，水质性缺水的范围和程度扩大。

他说，枯水还使湖区工程性缺水问题更加突出，由于可利用的水资源量减少，相应影响了农村居民饮水安全。

一些水利专家认为，近年来洞庭湖区日益严重的旱象，主要原因是上游江河来水偏少，水利工程蓄水不足，部分地区发生严重伏秋连旱；同时，三峡水利工程建成后对洞庭湖水环境也产生了一定影响。

专家指出，三峡水利工程建成后长江泥沙量减少，清水下泄使长江河床逐年刷深，长江入洞庭湖水量也随之减少；枯水期三峡水利工程增加的下泄量仍不足以补偿长江入湖水量。受此影响，近年来长江入洞庭湖三口河系衰退特征已十分明显。

专家认为，应尽快拓展三峡水利工程综合效益。从目前看，“后三峡”时代洞庭湖迫切需要提高水资源综合配置能力。

据称，湖南省拟建４处平原水库。这些水库建成后，高洪时可滞洪蓄水，枯水期可引江济湖。此外，这个省将在洞庭湖北部可能发展为新的干旱走廊的地区加快建设垸内灌排体系，兴建一批提灌泵站等提水工程。