针对湿地保护，敦煌实施了“绿色屏障”工程，包括“三北”防护林、封滩育林（草）、平原绿化、防沙治沙、退耕还林等生态建设工程。敦煌还建成了敦煌西湖国家级自然保护区、南泉省级湿地及候鸟自然保护区和东湖市级自然保护区，新增天然林成林面积10万亩。同时，采取围栏、封堵路口、蹲点、巡查等措施，加大对西湖国家级自然保护区等4个自然保护区的监管力度，清除了玉门关一带放牧的13群3900只羊，查处了9起盗猎案件。

　　为防治莫高窟沙害，美国盖蒂保护研究所和中科院寒区旱区环境与工程研究所于上世纪90年代中期进行了合作，在莫高窟与鸣沙山之间种植植物进行防沙，并在窟顶崖边设置4.7千米的尼龙防风栅栏。工作人员还在窟顶沙地上设置了由不同大小的石块覆盖的方格，进行砾石覆盖阻止风沙流的试验。该试验使崖边的风蚀减少，落下崖边和落入洞窟的沙量也在减少。

　　2007年3月，总投资4100万元的月牙泉水位下降应急治理工程启动。据敦煌市鸣沙山月牙泉管理处主任马生凯介绍，“月牙泉水位由去年的平均水深1米上升到了现在的平均水深2米，最深2.3—2.4米，达到7年以来的最高值。水域面积由去年的8.3亩扩大到现在的12亩，扩大了3.7亩。”

　　同时，《敦煌市节水型社会建设规划》得到了甘肃省政府的批复，《敦煌生态环境和文化遗产保护近期工作方案》也被省政府批准，共涉及项目20个，总投资19.33亿元。此外，总投资2.61亿元的敦煌莫高窟保护利用工程今年2月份已由国家发改委正式批准立项实施。阳关自然保护区申报国家级自然保护区项目已上报国家评审。

　　据介绍，目前“引哈济党”工程环境评价大纲已通过国家环保总局评审，《甘肃省引哈济党跨流域调水水资源配置任务书》已得到水利部批复，项目已列入全省“十一五”规划，正在争取国家立项。此项工程实施后，可从根本上解决敦煌地区地下水位及月牙泉水位下降的问题。