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临时政府与民国法统
孙中山听到赵凤昌这个建议后，当天（12月26日）在寓所主持同盟会最高干部会议，黄兴、宋教仁、陈其美、胡汉民、汪精卫等参加，会议决定由孙中山出任临时大总统。但对于政府体制究竟是实行总统制，还是内阁制，孙中山与宋教仁有分歧。第二天，黄兴、宋教仁前往南京，向各省都督代表会建言选举临时大总统，并将政府体制确定为总统制。29日，各省都督代表会选举临时大总统，十七张有效票中，孙中山以十六票当选。
南京临时政府的成立和孙中山当选，使南北和谈立马陷入困境，因为在南北双方先前的约定中并没有这一项。孙中山在当选当天致电袁世凯进行解释，表示临时政府的成立并不意味着先前共识受到破坏，南方依然遵守先前承诺，虚位以待之心终可大白于天下。
孙中山确实信守了政治承诺，南京临时政府的成立也确实像许多人所预料的那样，加速了清廷的崩溃。至1912年2月初，经段祺瑞等北洋将领发难，清帝退位，终结体制，走向共和，已经没有一点儿悬念。又经过一番讨价还价，清帝于2月12日宣布退位。第二天（13日），孙中山向参议院辞职，并如约举荐袁世凯为第二任临时大总统。袁世凯也在当天致电南京临时政府，宣布赞成共和。至此，僵持三个多月一百多天的辛亥革命大致结束，中国重回一个新的政治秩序中。
在民国元年，袁世凯对孙中山对革命党人是很尊重的，孙中山等革命党人对袁世凯的表现也是比较满意的。但是到了宋教仁案发生，孙中山和革命党人中的一部分突然怀疑自己在南北和谈的时候是不是有点太幼稚了，为什么不能坚持自己的主张抗争到底，为什么要将大总统的职位转让呢？
孙中山和革命党人一系列的困惑渊源有自，我们过去不太理解为什么一百年来总是说辛亥革命失败了，其实现在想想，辛亥革命的失败不是让权，不是妥协，而是在民元之后重建的新国家新制度，基本上没有按照南京临时政府的规范往下走，根本没有孙中山先前的设想和意思，南京临时政府在民国法统中没有任何地位，孙中山的三民主义、三个阶段等理论根本就没有转化为政治实践的可能性。中华民国的中央架构完全沿着晚清立宪的路子继续走，先前准议会机构资政院变成了正式的国会，各省咨议局变成了省议会，民国前半程的政治架构就是没有君主的民主立宪，就是精英政治，这些政治理念与政治设施和孙中山原先设想不是相距太远，而根本就不是一码事。由此，我们不难理解孙中山为什么在民国前半程依然不懈奋斗，他的目标就是实现三民主义政治理想，就是要从军政到训政，然后再到宪政。