玉树县地处青藏高原东部，位于玉树藏族自治州最东部，境内平均海拔4493.4米，气候寒冷，年温差小，日温差大，是一个以牧为主，农牧结合的半农半牧县。整个地形西北和中部高，东南和东北低，纵跨长江、澜沧江两大水系，地形复杂，地势高耸。地貌以高山峡谷和山原地带为主，间有许多小盆地和湖盆。全县总面积1.57万平方公里，占全州总面积的5.89%，有耕地3689公顷，农业人口人均耕地0.84亩。

全县辖七乡两镇，62个村民委员会，262个农牧业生产合作社。2005年末全县总人口为89309人。结古镇是州府、县府所在地，是青南重镇和物资集散地，是玉树州政治、经济、文化的中心。