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三是严格执行新农合基金管理制度。要求各地严格执行新农合基金财务和会计制度，新农合基金实行收支两条线管理，专款专用，不得用于参合农民医药费用补偿以外的任何支出。逐步建立基金风险预警制度，规范票据管理、现金管理和资金划拨流程，基金实现封闭运行。财政、卫生部门和新农合经办机构定期与开户银行对账，保证账账相符、账款相符。重视发挥审计作用，建立新农合基金的内部审计制度，并定期邀请审计部门或会计师事务所开展新农合审计，强化外部监管。
四是加强医疗机构监管。卫生行政部门要进一步强化对定点医疗机构服务行为的监管。建立新农合经办机构与定点医疗机构的谈判机制，将服务范围、出入院标准，诊疗规范、费用控制，就诊信息协查等纳入协议范围，明确违约责任及处理办法，严格执行定点医疗机构准入和退出机制。开展定点医疗机构的考核评价并探索信用等级管理办法，将次均费用增幅、目录内药品使用率等指标纳入考核，考核结果和信用等级要对社会公布。通过开展支付方式改革和实施临床路径等措施，推动医疗机构加强内部管理，逐步形成新农合管理对医疗服务行为的引导和制衡机制，达到促进改革、规范服务、加强监管和控制费用共赢的效果。
五是规范新农合经办机构内部制约机制。推动各地实现新农合经办服务和医疗机构的分离。新农合经办机构工作人员不能由医疗机构人员兼任，落实专职工作人员，并采取异地任职、定期轮岗等方式确保经办人员的独立性。规范经办机构岗位设置，实行不相容职务分离，如会计、出纳、审核不得互相兼任，审核和复核不能由一人完成。规范审核流程。采取网络实时审核与费用清单事后审核双重措施，并建立稽查制度，通过电话查询、入户回访等方式，对发生大额费用的患者跟踪核查。经办机构不得擅自变更支付项目和报销范围，严禁提取管理费用。在有条件的地区，积极探索商业保险机构参与新农合经办服务或利用社会公共服务平台经办新农合事务性工作，但不得将基金用于支付管理费用。
六是完善转诊备案和补偿公示制度。规范县外就医转诊备案制度，农民异地就医需限时转诊备案，并通过设置不同的报销比例，引导农民主动办理转诊备案手续。县级以上医疗机构要配合经办机构做好即时结报、参合患者就诊信息核查和统计上报等工作。完善并严格执行新农合三级公示制度，建立信访内容核查、反馈机制，探索建立举报有奖制度，提高社会监管积极性。
七是及时从重从严查处违规违纪行为。明确统筹地区卫生部门负责人是新农合综合管理的主要责任人，出现新农合重大管理问题，要追究统筹地区卫生部门负责人的责任。各级卫生、财政部门要主动会同审计、公安等部门，开展新农合基金管理的联合监督检查，即时排查和消除基金安全隐患，严厉打击欺诈新农合基金的行为。建立健全责任追究制度，对于有组织造假骗取新农合基金的医疗机构，一律取消定点医疗机构资格，情节严重的吊销医疗机构许可证，对医疗机构主要负责人要追究责任；对于参与套取骗取新农合基金的公职人员和医务人员要给予纪律和行政处分，必要时依法吊销执业医师许可证；对于触犯刑律的个人，移交司法机关依法处理。