针对新农合是否会把乡村医院纳入报销体制的问题，毛群安说，新农合是在农村实行医疗保险制度的雏形，短短四年时间有7.2亿农民参加了新农合，新农合制度也在日趋完善。当然，新农合制度仍然需要不断完善和发展，包括提高保障水平、筹资水平和报销比例等，但这种改善需要一个过程，不可能在很短的时间内就能全部解决这些问题。因为报销比例和筹资水平有直接关系，所以，随着国家经济的发展和新农合制度的不断完善，新农合的筹资水平会逐步增加，群众得到保障的水平也会不断提高。
毛群安介绍，为了保障新农合制度健康发展，保证筹集到的新农合资金能最有效地使用，卫生部对参加新农合的定点医疗机构进行严格筛选和规范管理。比如现在在中西部地区筹资，一个农民一年交50块钱，如果定点医疗机构的管理不规范，很可能使艰难筹集到的这部分经费被随便花掉，农民得不到实惠，这就会直接威胁到新农合制度的建设。
毛群安强调，卫生行政部门作为主管机构，既是新农合的主管部门，也是这些医疗机构的主管部门，要处理好这样几个关系，首先，严格规范定点医疗机构，规范执业，尽可能降低医药费用，使农民群众得到实惠。对于什么样的机构能够作为定点机构，也是有严格的条件限制的，虽然一些地方的村卫生室已纳入到新农合试点当中，但目前各个地方的情况并不完全相同。卫生部建议，为了保障合作医疗的基金能够得到合理、科学的使用，定点医疗机构的纳入过程要保证以规范的制度管理为前提。（吴 静）
