会议认为工程面临的形势更加艰巨，工程建设进度与规划相比还相对滞后，各分项工程和各地工作进展不平衡，剩余工程建设越往后难度越大，管护的任务越来越重，工程正处在攻坚克难和巩固成果的阶段。下一步，要更加注重推进工程建设的体制和机制创新；依据客观规律探索和总结科学的治理模式；积极充实和完善各级生态补偿机制，形成多元化的工程建设投入制度；把工程建设同转变经济发展方式、转变农牧民的生产生活方式结合起来；管护和巩固好已取得的建设成果。

会议对下一步工作做出了部署，一是确保一期规划任务完成。各地要对工作进行认真检查，做好部署和动员；注意抓好各子项工程的协调配套；注意困难地治理等几个难点问题；研究促进工程建设的有关政策措施；做好巩固成果工作；加强工程建设效益监测；开展一期工程的后期评估。二是抓紧开展二期规划的编制工作。有关部门要组织各方面的专家，对二期工程建设的必要性、范围、建设目标、基本思路、工作重点和保障措施等进行研究，有序推进二期规划的编制。