3．湿地丧失、水资源枯竭。湿地丧失和水资源的枯竭是西部特别是西北干旱区土地荒漠化的根本原因。由于大规模水土开发，盲目建坝兴修水利进行农业开发，造成西部地区河流相继断流、枯竭，湖泊干枯或咸化。如我国最大的内陆河流塔里木河，由于上游农业开发等用水和相应的水利建设，造成下游河流的干枯和胡杨林的死亡、植被沙化或荒漠化，湿地变成荒漠；内蒙古西部最大的内陆河黑河，由于上游甘肃水利建设和农业用水，造成下游河流干枯，居延海最终于1992年干枯，原来的湿地变成荒漠。西北地区的绿洲开发或人造绿洲，或者要建造大量的水利设施、消耗大量的地面水源，或者利用地下水打井浇灌，不仅造成河流湖泊的干枯，还造成地下水位的严重下降，必然造成地表植被的严重退化，如河谷林的退化消失、湿地的消失和荒漠化、草地的荒漠化等等。
    4．物种的濒危和灭绝。栖息地的退化丧失必然造成物种的濒危和灭绝，物种的濒危和灭绝又加速了生态系统的进一步退化丧失。20世纪在西部地区先后灭绝了3种大型哺乳动物新疆虎、野马和高鼻羚羊，一些物种如野骆驼、河狸、长臂猿等极度濒危甚至已经绝迹，大量物种的濒危及很多物种的灭绝消失并没有引起人们的关注，特别是水生生物的灭绝消失。以新疆乌伦古河及乌伦古湖（我国十大淡水湖之一）为例，上世纪80年代贝加尔雅罗鱼和河鲈是主要本土经济鱼种，产量达3000吨以上，进入本世纪后，这两种鱼已很难见到，当地再想吃河鲈甚至不得不从哈萨克斯坦进口。
    5．环境污染加重。西部的环境污染问题表现在大气污染、水污染和局部地区的土壤污染问题，污染的根源在于过度和片面追求发展才是硬道理，大量地不计环境成本地开发自然资源，特别是矿产资源开发。矿产资源开发是造成西部生态系统破坏退化和生物多样性丧失的一个重要原因。根据《西部地区生态环境现状调查报告》（国家环保总局，2002），截至1999年，西部地区（不含贵州、西藏）因矿产资源开发破坏的土地面积累计达181万公顷，其中林地破坏占16.3%，草地破坏占8.6%，耕地破坏占8.0%。实际上，像水土资源开发导致湿地丧失和水源枯竭一样，矿产资源开发造成生态破坏的现象在西部大开发实施后有进一步加剧的趋势。大量在东部地区难以安家的污染企业，得以在环境监督相对落后和宽松、而追求经济效益更加迫切的西部地区安营扎寨，这种状况实际上在西部大开发后更加严峻。农业开发乃至草原鼠虫害防治，大量的化肥、农药的使用也是导致水包括地下水污染、土壤污染乃至生物链破坏的重要原因。实际上，北京的空气污染有相当一部分是随着西北部沙尘飘散到北京上空的。
    实际上，荒漠化、沙尘暴、洪水等灾害及环境污染只是表症，其根本原因在于森林、湿地（包括水资源）和草原等自然生态系统的退化丧失及生物多样性的濒危灭绝。

表9 保护区调整与区内居民搬迁

    为了保护西部生态环境，从上世纪80年代以来，国家投入了大量财力物力和人力，先后实施了一系列生态保护工程，如大熊猫保护工程、“三北”防护林体系建设、长江中上游防护林体系建设工程、全国防沙治沙工程、天然林保护工程、退耕还林（草）工程、退牧还草项目、国家公益林项目等等。表7为在西部地区或主要在西部地区实施的生态工程情况，这些项目工程除退牧还草项目以外，基本都由林业部门主管，都涉及大量的植树造林投入，特别是“三北”防护林建设工程、京津风沙源治理工程、退耕还林工程等；而退牧还草项目及公益林建设（属天保工程范畴）则都涉及铁丝网围栏的建设。
    如果加上其它一些诸如水土保持、流域治理等明目繁多的生态工程建设项目如黑河治理工程（总投资23亿）、塔里木河综合治理工程（107亿元）等等，我国平均每年在西部地区“生态建设”投入至少在600亿元人民币以上，这将是西部国内生产总值的3.6%以上。西部生态环境保护投入力度如此巨大，可谓举世罕见，为什么总跳不出“局部改善总体恶化”的魔咒呢？下面就大熊猫保护区工程、“三北”防护林建设工程、退牧还草工程等加以剖析。
    1．大熊猫保护工程
    大熊猫保护工程是我国乃至全球对一个濒危物种保护投入力度最大的案例。1985年2月，林业部与世界自然基金会签署了联合制定“中国大熊猫及其栖息地保护管理计划”的协议，根据1985年至1988年的全国大熊猫调查，于1989年10月编制出了《中国大熊猫及其栖息地保护管理计划》（简称管理计划）。计划于1991年至1995年5年内执行，总预算为9000万元，在执行期进行2次评估并进行必要的修订，并在最后一年制定下一个5年管理计划。在《中国大熊猫及其栖息地保护管理计划》的基础上，林业部制订了《中国保护大熊猫及其栖息地工程》（简称保护工程），并于1992年经国务院批准立项实施。《保护工程》主要内容包括完善13个已建保护区的设施和建设、新建14个保护区和17条走廊带等，工程总投资3亿元，最终将使大熊猫及其栖息地得到有效保护。表8、9、10、11为工程实际完成情况的评估分析。可以看出，当时计划的14个新建保护区实际上只在原规划的岷山保护区范围内成立了白羊、雪宝顶和片口3个保护区，保护区调整与居民搬迁的目标基本都没能实现，保护区走廊带也基本未能实施，而保护区外栖息地甚至包括规划的走廊带几乎全部遭到森工伐木厂的皆伐式采伐，由于保护区外几乎已无猎可偷，野生动物偷猎现象更多地发生在保护区内，大熊猫面临的威胁实际上已经更加严峻。工程项目目标之所以基本未能实现，根本的原因在于森工采伐进入90年代以来已经到达了疯狂的、不顾一切的地步，甚至规划的新建保护区采伐更加严重，因为森工单位的目标变成了“先抓紧采伐完了再建保护区”，抓紧采伐成了当时的重中之重。

表10 保护区外大熊猫栖息地管理