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打假的程序正义
在方舟子的学术打假生涯中，与著名学者于建嵘教授的冲突，是最引人注目的案例之一。
2005年10月8日，新语丝"新到资料"头条发表署名"严晋"的文章，题目是《学术界罕见的骗局：评于建嵘的成名之路》。作者质疑于建嵘的职称及其调查研究的真实性："网上有数百篇他的'当代中国农民的维权活动与政治---2003年12月4日在美国哈佛大学的演讲'。把自己咀嚼了多遍的内容，再以'在哈佛大学的演讲'展现一把，100%出于炒作的心理。"
文章说："北京一位了解于建嵘的朋友说，于连最基本的英语会话也不懂，是会把'Howareyou？'理解成'怎么是你'、把'Howoldareyou？'理解成'怎么老是你'的水平。所以他要把那些东西讲完估计至少也得三到四个小时，显而易见，他又说了假话。"
第二天，于建嵘的一封《致〈新语丝〉的公开信》出现在新语丝"新到资料"第七条，逐条回应了"严晋"的指控。方舟子还给这封回信加了一个按语："我在中国社会科学院农村发展研究所的网站见到如下公告，这是不是意味着于建嵘现在又成了'副研究员'了？还是连本所的人也搞不清楚他究竟是研究员还是副研究员？"
于建嵘被方舟子的冷嘲热讽激怒了。两天后，于建嵘将《写给杂种方舟子的信》发到方舟子的邮箱："如果你不能就我颂扬的衡阳县维权抗争农民是不是'地痞流氓'作出'判决'，那我就要告诉你，从你乱咬人的性格来看，你是你母亲与严晋这些地痞流氓□□(此处省略两个字-编者注)结下的怪种。"
《南方周末》以"两败俱伤的恶战"形容两人的鏖战，但方舟子对这一说法极为反感："《南方周末》在报道这一事件时，完全没有客观报道的立场，标题就给定了性：'两败俱伤的恶战'，自命裁判宣布：'两个人谁都没有赢得这场恶战和混战。'我还真不明白我在这场'恶战'中败在哪里，伤在何处。如果对我骂娘就能让我败了、伤了，以后谁要想打败、打伤我，可就太容易了。"
方舟子的决不认输、决不认错是科学圈内公认的特点，他从不对自己的某些被人认为错误的言行道歉，常常是论战中最后一个出来说话的人，而台下早已空无一人。"道歉会使被你伤害的人原谅你。"刘兵说。
于建嵘在接受《南方周末》记者采访时表示："对于他这种自任学术法官的人，我不骂他，还能怎么办？"他在给方舟子的另一封信中表示："对付你这样的人渣，绝对要放得下斯文，就要用更流氓的手段。"
方舟子将《写给杂种方舟子的信》贴到新语丝上，以示于建嵘教养不高，田松因此评论于建嵘很高明---在方舟子掌控的新语丝阵地上，于建嵘竟然是极少见的、能用新语丝反击方舟子的人。
田松在正面评价方舟子打假的意义后表示，从2005年前后博客兴起后，随着媒体更加开放，方舟子之前独一无二的价值渐渐式微。
刘华杰曾说过，方舟子批评别人采用的是一套标准，自己做事采用的是另一套标准。这种双重标准弱化了他的公信力。一个明显的例子是，方在打假的同时，自己也不断被指控抄袭，但这种行为并没有给他带来心理上的负担。
刘兵认为，方舟子在学术打假时集"侦查、控告、审判"于一身，对"假"的认定，并非由学术共同体以集体的方式来认定。"例如王海打假，是不是假货并非由王海自己说了算，而是由独立的机构来鉴定。"
"对法治社会而言，个人道德只是影响公信力的因素，但并不是最重要的。"刘兵说，"即使他的道德水准没有问题，他个人是否拥有对于他所打的假货进行鉴定所需要的充分的专业知识？假如打假者个人的道德水准有问题，由第三方权威机构来鉴定就更有必要了。"
但即便如此，方舟子强大的话语权和影响力仍然存在。在许多人的心目中，作为"打假英雄"、"打假斗士"的方仍是正义的代名词。
在一个造假现象并不鲜见的社会中，公众对现实的不满是方舟子获得认同的原因之一。田松认为，也正因为如此，人们容易本能地原谅方舟子的错误。
学术界的宋祖德？
许多人对方舟子的第一印象都是温和、文雅，甚至谦虚，这使他们对方在网络上的四面出击深感惊讶。
方在被媒体捧为"打假英雄"的同时，近年来却不断与媒体结怨。《南方周末》记者夏榆至今没有与方打过任何交道，但他的名字也出现在"新语丝"的"中国不良记者名单"中，"罪名"是"剽窃"。
"我想有此荣幸是方先生依据一篇网文，涉及本人在2009年10月的一篇诺贝尔文学奖报道(《赫塔·米勒：我是在书桌前，不是在鞋店里》)。"夏榆对《法治周末》记者说。
对于是否剽窃的问题，夏榆说："《南方周末》职业规范委员对那篇报道有结论，当事各方事后亦有结论，只是各方的结论都不支持方的观点罢了。"
"这个'不良记者'名录，说到底，也就是方先生私设公堂，自任判官，自我论断而已。"夏榆说，"名录中出现的诸多所谓'不良'记者的名字，多是我尊敬的开云网页版-开云（中国）官方在线登录业同道。他们的个人品行和职业操守我也清楚，也不是说'黑'就'黑'，说'不良'便'不良'。"
而知名杂文家鄢烈山更是一个"只向真理低头"的硬汉，其"铁骨铮铮"的形象为人所熟知，但他也登上了方的"不良记者"黑榜。当时就因为于建嵘与方舟子的冲突，鄢烈山写了《警惕方舟子，理解方舟子》一文，表示"同情"方舟子，未曾想反受其害。
"我认为他是滥用了话语权，伤害了于建嵘。我说过对他表示很遗憾的话，其实有两层意思，首要的我对于他的打假行为整体上是支持的、赞扬的，有个案失误也是难免的。"鄢烈山说，"对于他有时过于自负，文风有些偏激，我觉得'很遗憾'。方舟子是一个很要强的人，连'遗憾'这样的字眼也容忍不了。那么我也只有表示'遗憾'了，不必介意。"
对于被列入"黑名单"，鄢烈山反应平静："他说我是'不良记者'我就是'不良记者'了吗？如果他是政府开云网页版-开云（中国）官方在线登录出版管理机关的，代表官方这样说我，那就不一样了，威胁到我的饭碗，性质就不一样了。"
今年初，方舟子与王菲爆发"口水战"，80后争议作家"独孤意"加入战端，并以娱乐界著名"大嘴"宋祖德形容方舟子。他在《方舟子人格和学术都不如宋祖德》的博客文章中称"方舟子人格不如宋祖德是有科学依据的"。
3月26日，方舟子在网上展开最新一场骂战，将学者萧瀚斥为"神棍"。次日，萧翰在微博上说："这些年来，您在打假领域作出的贡献有目共睹，令人敬佩。您我昨日今日之争，再次反映出您在公共辩论方面缺乏基本规则，用羞辱性语言谩骂辩论对手并不能使您的观点更有说服力。"
但是，不管是曾经与方舟子发生过论战的学者，还是被方列入"不良记者"黑名单的开云网页版-开云（中国）官方在线登录界人士，对《法治周末》记者的采访请求，均奉行江晓原的"三不原则"，表示不愿意理睬方舟子。
3月27日，《法治周末》记者向方舟子的电子信箱发去一份采访提纲，提问较为尖锐，方舟子很快回复邮件："你们这些骗子帮凶和无耻小人不配来审讯我。在你们这篇由郭国松、杨玉圣、祝国华和葛莘为迎接肖传国出狱而精心策划的诽谤我的报道出来之后，我将起诉你们报社，并将你和你的执行主编郭国松列入不良记者名单。方舟子。"