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下载安装Flash播放器“一千万”的自主权
筹备建校，最主要的工作之一就是“花钱”。但在传统的行政管理体制下，钱是要按照严格的财务制度程序来花的，朱清时“买电脑”和“修房顶”的故事，形象地说明了朱清时是如何“完全被捆住手脚的”。
“我第一天上班说要买台计算机，工作人员马上告诉我：‘买要两个月哦。’”64岁的新校长被吓了一跳。对曾经账上有着几亿机动经费可供支配的前中科大校长来说，在深圳买电脑的过程简直无法理解——报计划、审批、招标、批量购买、分配，一个都不能少。
修房顶的事情更让人无奈。经历评估、报计划、审批、招标??这一绵长的行政链条后，其结果便是“几个月以后才开始正式修房顶”。
“要是这么做的话我们根本没有希望在短时间内把这个学校建好。”这个说话绵柔、温文尔雅的四川人有点恼火了。只是，他的破解之道依然是“讲道理”。
“我们去跟深圳市委市政府沟通……大家都觉得，中国这么大，中国的教育这么复杂，让一两个学校，特别是像深圳特区的南科大做做试验，不是一件坏事。……我们大家都是讲理，市领导也很支持，开了几次协调会，明确表示，(对)南科大要坚决支持，好多地方给我们开了绿灯，我们买东西也快了，也给我们1000万机动经费。这是第二次走出困境。”
2010年10月，朱清时拿到了深圳市批复的第一笔机动资金，结果没到一个月“都用完了”，“光图书馆就花了四五百万”。如果花这笔钱要走老程序，大概需要半年，“当然肯定会被批准，但是值得浪费半年时间吗？图书馆买什么书，哪位官员能够提什么意见？完全是学校自主的。”
这1000万元，对于建校这样的宏大工程来说依然嫌少，“但给我们自主权，这就是一大步”。
原则问题不妥协
当然，朱清时想要的自主，不仅仅是财权，更重要的是招生和办学。去年建校时，他说，南科大要从高二招学生上来，转眼，他释放愿景时的那届高二的学生已经升上了高三，但南科大的招生还没有实现。
目前，教育部能够认可的招生方式是2011年后开始，与其他学校联合招生，但没有南科大学籍，“这样我们就很为难了。”朱清时不能接受这种方式。
“现在我们面临的就是坚决地自主招生了，自主招生就是照我们最初(的打算)，袁贵仁部长同意的，我们考虑自己授文凭和学位。”
在朱清时看来，自授文凭和学位是“全世界所有大学都在做的事”，再自然不过。 “(其实)教育部根本就管不过来，但就是把授学位权给卡住了，这是中国教育行政化的一个重大标记。”朱清时说。“如果我们做成功了，我们就真正迈出了一大步。”
接近年底的火爆咨询场面，至少证明，朱清时取得了阶段性的“胜利”。
在这些小步累积起来的胜利和障碍里，朱清时“看到了中国教育界深层次的弊病……(那就是)在过去几十年中间，中国高等教育高度行政化，这个行政化已经被法制化了。”南科大想按照预想的走下去，这是不得不破除的第三个困境。
“改革不能完全避免错误，不能完全遵守过去的规章制度，更不能事事都要上级批准。如果都让上级批准，那就没有改革可言了；换句话说，那样的话就相当于我们把改革的风险都推给上级了，是吧？”朱清时说。
“我们很想大声疾呼，有领导同志意识到这一点，站出来说：‘让南科大做个教改特区！让他们试！他们试这些东西不管结果如何，对国家都有好处！没有什么危险！有后果我负责！’这样我们才能走出困境。”说这话时，温雅的朱校长握起了拳头，短促而用力地振臂，这是谈话间他少有的肢体动作。
一年的时光，给了朱清时教育实验与科学实验的比较经验：“(以前做科学实验)跟没有生命的对象打交道，它的规律都是很清晰的；现在我们要办学，要跟人打交道，人都有思想，所以规律都不是很清晰，取决于个人的态度。”
400多天的教改实践，让他在探索与人打交道的路上，学会了“妥协”——这在很多了解他的人看来，实在罕有。“可以让步的尽量让步，毕竟我们要获得社会上大部分人的支持，特别是政府的支持，必须要做一些妥协，让他们也满意。”但是，“原则问题是不妥协的，比如今年招生，我们不妥协；自授文凭自主招生，我们不妥协。”
有时，下属会听到他喃喃地念叨自己的任期：“我还剩下四年……”下属撺掇着说：“再干一届吧。”校长不置可否。
只有一次，老头儿喝了点酒，私下里才吐露这样的狠话：“(下一届)坚决不干了！”
而在没有酒精作用时，在人前，朱清时还是会说：“大家的希望，都希望看到中国教改成功，即使干不成，我们走到哪里，后人都可以借鉴，所以仍然很有成就感。中国的教改一定要成功，也一定会成功。”