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肥水不流外人田
目前，12306.cn主要由铁道部信息技术中心和铁道科学研究院进行开发和维护，小范围业务如支付接入、硬件整合等外包给系统外的公司。
据本报调查，开发12306.cn的铁道部信息技术中心下属有多家企业，其法人代表均为其中心主任。
而负责运营维护的铁道科学研究院已于2002年由事业单位转制，目前是铁道部直属大型科技企业。
铁道科学研究院电子计算技术研究所(下称“电子所”)是具体负责运营的主要单位，其主页显示，电子所有另一个名字——“北京经纬信息技术公司”。根据工商资料，这是一家全民所有制企业，即国企，成立于1992年，注册资本5000万。
而电子所的研究领域与成果中即包括铁路客票发售和预订系统。已多年未更新的介绍称，将研究客票系统 5.0 版，以实现客票销售渠道网络化、服务手段现代化、运营管理信息化为目标。
据媒体报道，铁路系统之外，能够参与网络售票项目的企业寥寥无几，主要是太极股份(002368.SZ)、网宿科技(300017.SZ)。
太极股份在2011年半年报中披露，其签订了铁道部互联网售票系统项目。但有媒体引用其相关负责人的话称，该公司只负责12306.cn网站的硬件集成，对于操作系统、数据库、中间件、软件的实施都不负责。而网宿科技则仅为12306.cn网站提供CDN加速服务。
此外，在12306.cn的支付页面上，可以看到提供支付接入服务的有工、农、中、招等四家银行和银联。
“虽然(开通网上售票)是一个积极的变化，提供了一个新的购票渠道，”北京交通大学经济管理学院教授赵坚评论称，“但铁路系统还太过封闭，应更加开放。”
雅虎中国原总经理谢文也认为，飞机票的网络订票搞了好多年，铁路网络售票已经算晚了；做得这么晚却没有做好是不应该的，因为已有足够的经验、专家、专业服务可供咨询。
他认为，铁路系统的问题就在于不找最好的，只找自己人，“肥水不流外人田”。