格鲁派具有代表性的寺院有拉萨三大寺（甘丹寺、色拉寺、哲蚌寺）、日喀则的扎什伦布寺、青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺，拉萨三大寺是西藏最大的寺庙集团，也是西藏三大领主之一的寺庙主中最大的领主集团。三大寺庙是西藏政教合一的代表，也是宗教界的最高权力机构。

三大寺由“喇吉”、“扎仓”和“康村”三级管理机构组成。喇吉是全寺性的组织，扎仓是寺庙的中坚组织，康村是基层组织。喇吉的总领称“堪布赤巴”。僧人入寺和学经修习制度

寺庙内真正能读经的人为数不多，其余多从事杂务活动、建筑、刻经印经、绘画雕塑、念咒、降神、打卦等。学经的僧人称“贝恰娃”，所能考取的最高学位是“格西”。获得格西资格的僧人可出任僧官、收授门徒，担任寺庙里的职务等，还可以升入上密院或下密院休息密宗。

上、下密院是两个对等的高级研习组织，比三大寺庙的密宗扎仓层次高。按规定，在上、下密院修习的喇嘛，可以逐级升为上、下密院的堪布，卸任后的堪布称为“堪苏”。上密院的堪苏可以升补为甘丹寺夏孜扎仓的法尊“夏孜曲杰”（东峰法尊之意），下密院的堪苏可以升补为甘丹寺绛孜扎仓曲杰（北峰法尊之意）。而宗喀巴法位“甘丹赤巴”的继承人，则轮流由这两位法尊担任。寺庙内一般普通僧人称“扎巴”、“喇嘛”是对德高望重，学识渊博僧人的专称。