《办法》明确了纳税人须向税务机关进行自行申报的五种情形，即：1、年所得12万元以上的；2、从中国境内两处或两处以上取得工资、薪金所得的；3、从中国境外取得所得的；4、取得应税所得，没有扣缴义务人的；5、国务院规定的其他情形。《办法》规定，符合第1种情形的纳税人，即纳税人在一个纳税年度内取得的全部应税所得达到12万元，不论其平常取得的应纳税所得，是否已由扣缴义务人扣缴税款，或是纳税人自己已向税务机关自行申报纳税过，年度终了后都应当再自行向税务机关办理纳税申报。符合第2至4种情形的纳税人，要进行日常申报纳税,即在取得应税所得时，就应当按照《办法》的相关规定，在规定的期限内向主管税务机关办理纳税申报并缴纳税款。第5种国务院规定的其他情形目前暂未明确，其纳税申报办法根据具体情形另行规定。

《办法》规定，对于年所得12万元以上的纳税人，在纳税年度终了后3个月内，需申报其各项所得的年所得额、应纳税额、已缴(扣)税额、抵扣税额、应补(退)税额和相关个人基础信息。申报的“年所得”包含个人所得税法规定的11个应税所得项目，即工资、薪金所得、个体工商户的生产经营所得、对企事业单位的承包经营、承租经营所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、利息、股息、红利所得、财产租赁所得、财产转让所得、偶然所得、经国务院财政部门确定征税的其他所得。同时明确，在计算年所得时，可以剔除三类免税所得，即个人所得税法第四条第一项至第九项规定的免税所得；个人所得税法实施条例第六条规定可以免税的来源于中国境外的所得；实施条例第二十五条规定的按照国家规定单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金。并规定除“个体工商户的生产、经营所得”和“财产转让所得”以应纳税所得额计算“年所得”外，其他各项所得均以毛收入额来计算“年所得”。

为方便纳税人自行申报，《办法》规定，纳税人可以采取多种方式进行纳税申报，既可以采取数据电文方式(如网上申报)、邮寄申报方式，也可以直接到主管税务机关申报，或者采取符合主管税务机关规定的其他方式申报。同时规定，可以委托有税务代理资质的中介机构或者他人代理申报。《办法》并规定了税务机关为纳税人自行纳税申报提供优质服务的具体要求。如要求主管税务机关应当将各类申报表，登载到税务机关的网站上、摆放到税务机关受理纳税申报的办税服务厅，免费供纳税人随时下载和取用；在纳税申报期间，通过适当方式，提醒年所得12万元以上的纳税人办理自行纳税申报；受理纳税申报的主管税务机关根据纳税人的申报情况，按照规定办理税款的征、补、退、抵手续，为已经办理纳税申报并缴纳税款的纳税人开具完税凭证；依法为纳税人的纳税申报信息保密等等。

此外，《办法》还分别明确规定了纳税申报的地点、期限、方式、管理、法律责任、执行时间等等。