主要污染物削减目标考核原则是：以排污总量控制、治污项目进度、环境质量改善为重点，实行逐级考核，考核工作要坚持“三结合”，将地方自查和国家检查、抽查相结合管理部门考核与专家核准相结合，将年度考核、中期考核和验收考核相结合，并将结果纳入干部政绩考核体系。考核结果要坚持“三挂钩”，与建设项目审批挂钩，对没有完成责任书要求的地方，暂停该地区增加相关污染物排放项目的审批；与限期治理挂钩，对没有按期完成治理任务的企业，要实行限期治理，治理期间限产限排，对电厂还要全额追缴脱硫优惠资金；与个人奖罚挂钩，对瞒报、谎报治污情况的单位和个人，要按照有关规定严肃处理。对因工作不力没有按期完成任务的，要按照《环境保护违法违纪处分暂行规定》，严肃查处有关责任人。

国家环保总局局长周生贤指出，分解落实主要污染物削减目标，是今年下半年工作的重中之重。要尽快将指标分解落实到市（地）、县，落实到排污单位，做到目标到位、任务到位、责任到位。在这里，重点强调考核问题。考核是落实目标责任制的重要保障。各级环保部门要充分把握好当前的有利时机，创造性地开展工作。在工作中要有敢为人先的闯劲，要有坚韧不拔的钻劲，要有百折不挠的韧劲，为“十一五”环保工作开好头、起好步。

为实现“十一五”规划确定的主要污染物削减目标，今年5月份，国务院授权环保总局与各省（自治区、直辖市）政府和华能等6家电力集团公司，签订了“十一五”二氧化硫总量削减目标责任书。7月份，召开了全国水污染防治电视电话会议，国务院授权环保总局与各省（自治区、直辖市）政府签订了“十一五”水污染物总量削减目标责任书。至此，“十一五”规划中主要污染物削减工作全面启动。