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三、审计处理情况和建议
对上述问题，审计署已依法出具了审计报告、下达了审计决定书。对将本级预算安排在所属单位问题，要求今后不得发生此类问题；对所属综合事业局为非预算单位申报财政拨款问题，要求综合事业局今后严格编制预算；对所属3家单位预算编报不完整问题，要求责成相关单位按规定完整编制预算；对所属单位虚列支出、预算支出不合规等问题，要求责成相关单位收回虚列支出的资金余额，严格执行预算并归还原资金渠道，同时相应调整有关会计账目和决算(草案)；对防汛物资账务处理不规范问题，要求加强管理并及时登记入账；对往来款清理不及时问题，要求尽快对往来款进行清理；对其他收入未按规定归还原资金渠道问题，要求根据资金不同性质做相应处理；对个别项目未严格履行基建程序问题，要求今后严格履行基建程序；对所属水规总院等单位房产出租等收入未纳入会计账簿核算问题，要求责成相关单位收回资金，纳入单位账簿核算；对所属华夏传媒公司等单位使用发票不规范等问题，要求纠正、追回资金；对所属综合事业局未经批准违规转让综合业务楼问题，要求收回转让的办公楼或补办报批手续；对综合事业局及所属部分单位收费管理不规范问题，要求进行清理；对已完工基建项目未及时办理验收和竣工决算问题，要求及时组织竣工决算；对出借资金问题，要求及时收回出借资金；对参股企业临时负责人违规进行股票投资问题，要求进行清理并追究相关人员的责任；对所属检测中心实物投资未及时进行账务处理、所属科技推广中心投资收益未及时收回、应缴未缴个人所得税等问题，要求责成相关单位加强管理，及时收回资金并进行清理，同时调整相关会计账目。
针对审计发现的问题，审计署建议：水利部应进一步加强预算管理，严格编制和执行预算；进一步加强对所属预算单位的管理和监督力度，督促所属单位加强财务管理和资产管理，完善内控制度，切实提高依法理财能力。
四、审计发现问题的整改情况
水利部在审计前开展了自查，并纠正了部分自查出的问题。对审计发现的问题，水利部高度重视，从完善制度、建立长效机制上落实整改，制定和印发了《关于进一步加强财政资金使用管理工作的通知》，并与所属单位签订了《水利财政资金使用管理承诺书》，进一步加强预算和资金管理。对将本级预算安排在所属单位问题，从2011年起报财政部调整预算；对所属单位虚列支出、预算支出不合规等问题，水规总院已收回房屋出租收入结余15.98万元，所属水利发展研究中心、中水润泽公司等单位挂账在宾馆的24.27万元已全部收回并纳入单位法定账户，中国灌溉排水发展中心已将征地补偿款200万元转做收入；同时，水利部采取发函或专人督办等方式，要求加大往来款清理和催收力度。所属综合事业局及下属单位针对审计发现的问题，积极进行整改，对综合事业局为非预算单位申报财政拨款48万元、所属检测中心等单位预算支出不合规12.18万元、实物投资130万元未进行会计账务处理、所属科技推广中心未及时收回投资收益13.2万元等问题，目前已整改完毕；对收费管理不规范问题，综合事业局组织各相关单位进行研究，分清收费性质，已采取停止收费或者补办相关手续等措施；对综合事业局所属单位违规报销问题，已调整相关会计账目；对出借资金问题，已达成分步还款意向；对基建项目长期不办理验收和竣工决算问题，综合事业局成立专门工作组，正在组织项目竣工决算工作；对所属科技推广中心未缴个人所得税问题，已申报上缴；对中水汇金资产管理(北京)有限公司临时负责人违规进行股票投资问题，已追究个人责任，并对该公司进行清理；对违规转让综合楼问题，正在向有关部门汇报，补办相关手续。