(三)部分重大决策事项不符合相关规定。
1. 2003年至2009年，南方电网公司70项500千伏及以上电网建设项目未经国家发展改革委核准就开工建设，涉及投资总额426.06亿元。截至2010年9月，仍有23项工程未获核准，涉及投资额109.92亿元。
审计指出上述问题后，南方电网公司已向国家发展改革委上报核准申请文件，目前，未获核准的23项工程中已有2项得到核准。
2. 1998年至2010年，所属云南电网公司等单位与其职工持股企业在招投标、工程建设等方面存在关联交易不规范，向职工持股企业让利等问题。2009年职工持股企业与主业的关联交易额占职工持股企业主营业务收入的50.45%。
审计指出上述问题后，南方电网公司认真开展职工持股企业的清理整顿工作，积极追收相关收入，并作了相应的账务处理。
3. 2003年，广西电网公司擅自批准所属单位投资31.09亿元建设桂林至梧州高速公路部分路段。截至2010年6月项目运行半年，已累计亏损1.29亿元。
审计指出上述问题后，广西电网公司已按要求将该投资事项及项目运营情况上报南方电网公司，并拟挂牌出售该项目。
(四)企业内部管理存在的问题。
1. 南方电网公司尚未出台“三重一大”制度有关的实施细则，对大额资金、对外投资和产权转让的审批权限未予以明确或界定模糊；职务消费没有单列预算，也没有进行单独核算，不够公开透明；公务用车一直未明确配备的数量、档次标准以及价格；广东电网公司未跟踪检查线损率异常情况；所属超高压输电公司以其原名称开设的账户长期游离在监管之外等。
审计指出上述问题后，南方电网公司制定了《“三重一大”决策管理办法》、《汽车配备管理规定》等多项制度；超高压输电公司已清理注销了以其原名称开设的银行账户。
2. 南方电网公司对下属单位管控不严，项目建设、物资采购等权限主要集中在各分子公司，导致部分所属公司出现招投标不合规，重大设计变更以及电价执行未上报南方电网公司等问题。
审计指出上述问题后，南方电网公司制定了中长期发展战略，启动了财务、物资等七个业务领域的一体化管理，以进一步提高总部管控能力。
(五)所属公司未严格执行国家有关电价或调度政策。
1. 2006年至2009年，广东电网公司、云南电网公司未报国家发展改革委批准，按照地方政府的要求在电价外收取燃气燃油加工费等56.28亿元，其中35.10亿元用于补贴未经核准违规建设的电厂。
审计指出上述问题后，广东电网公司已向广东省物价局申请纠正上述政策；云南电网公司已停止执行上述政策，并将结余资金4600万元拨付给相关发电企业。
2. 2003年至 2009年，广西、贵州和广东电网公司未严格执行差别电价和优惠电价政策，分别依据地方政府部门文件少收电价共计11亿元。
审计指出上述问题后，广西电网公司、贵州电网公司已停止或已部分停止执行上述政策，广东电网公司已向广东省物价局申请纠正上述政策。
3. 2003年至 2009年，广东电网公司、云南电网公司为违规建设的电源项目接入系统并网发电。
审计指出上述问题后，广东电网公司、云南电网公司已加强了电源项目并网管理，以杜绝此类问题发生。
(六)南方电网公司电力体制改革还不彻底，主要是厂网分开改革不彻底，主辅分离未取得实质性进展，代管的34家县级供电企业和86个农电机构责、权、利关系还不明晰等。此外，电网建设中还存在部分地区电网建设滞后、中低压电网改造覆盖面不足，部分配电变压器存在过载问题等。
审计指出上述问题后，南方电网公司已制定相关措施，组织力量进行调研，并积极向国家有关部门反馈意见，着手逐步解决。
此外，审计还发现南方电网公司所属单位以前年度存在的问题：2003年至2007年，广西电网公司所属结算中心将取得的利息收入转入公司社保中心账户；2003年至2007年，所属超高压输电公司、广西电网公司违规将工资结余或福利费结余转至账外发放，或转至个人储蓄养老保险账户和企业年金账户；2005年至2006年，超高压输电公司违规多付工程款等。审计指出上述问题后，有关单位已经调整会计账目、收回款项并补缴相关税费。